Зоологический сад постоянно вносит свой вклад в сохранение вымирающих видов животных. Почти 400 различных исчезающих видов по всей Европе участвуют в Европейской программе сохранения животных, в том числе жираф Ротшильда и другие многие виды в Литовском зоологическом саду.

Зоологический сад уже несколько лет успешно участвует в проектах по увеличению численности находящихся под угрозой исчезновения видов в Литве – болотных черепах, филинов и рысей. Зоопарки играют очень важную роль в содействии сохранению редких видов животных, поскольку редкие животные в дикой природе могут исчезнуть, если не будут приняты определенные меры.